نرم افزارهای بیوانفورماتیک و ژنتیک

معرفی دو نرم افزار کاربردی در تحقیقات کشاورزی ارائه شده توسط سیمیت (CIMMYT)

- META-R (Multi Environment Trail Analysis with R for Windows):

این نرم افزار شامل مجموعه ای از برنامه های R برای تجزیه های آماری است که از جمله کارکردهای آن می توان به موارد زیر اشاره کرد:

محاسبه پارامترهای BLUE و BLUP، همبستگی های ژنتیکی بین مکان ها و همبستگی های ژنتیکی بین متغیرها، وراثت پذیری عمومی و دیگر آماره ها برای آزمایشات اصلاحی، ساخت نمودارهای جعبه ای و هیستوگرام. امکان انجام آنالیزها بر اساس مکان، در بین شرایط محیطی و در بین همه مکان ها وجود دارد. این نرم افزار دارای رابط گرافیکی جاوا می باشد که به کاربر کمک می کند به راحتی بتواند فایل های ورودی داده ها، نوع آنالیز مد نظر و متغیرهای مورد بررسی را انتخاب کند.

دانلود META-R:

https://data.cimmyt.org/api/access/datafile/9090?gbrecs=true

- BIO-R (Biodiversity analysis with R for Windows):

این نرم افزار شامل مجموعه ای از برنامه های R است که آنالیز تنوع زیستی داده های مولکولی را انجام می دهد. از جمله کارکردهای آن می توان به موارد زیر اشاره کرد:

محاسبه هتروزیگوسیتی، تنوع بین و درون گروه ها، شاخص شانون، تعداد الل موثر، درصد لو های پلی مورفیک، فاصله های ژنتیکی Rogers و Nei، تجزیه کلاستر، مقیاس بندی چند بعدی با پلات های دو بعدی و سه بعدی و .

دانلود BIO-R:

https://data.cimmyt.org/api/access/datafile/9087?gbrecs=true

- ADEL-R (Analysis and design of experiments with R for Windows):

این نرم افزار شامل مجموعه ای از برنامه های R است که برای ایجاد و آنالیز طرح های آزمایشی کاربرد دارد. خروجی آن جدول های تجزیه واریانس (ANOVA) و گراف های مقایسه میانگین است. طرح هایی مانند طرح بلوک های کامل تصادفی، طرح بلوک های ناقص طرح آگمنت ( حجیم شده)، طرح کرت های خرد شده، طرح های فاکتوریل، طرح کرت های نواری. این نرم افزار دارای رابط گرافیکی جاوا است که استفاده آسان از آن را برای کاربر میسر می سازد.

دانلود ADEL-R:

https://data.cimmyt.org/api/access/datafile/9569?gbrecs=true